2011年11月30日水曜日

被災地を想う

気仙沼が15年連続でカツオの水揚げ日本一だそうで。 これは物凄いことだな。 だって、壊滅的というより壊滅したじゃない! 今だってそう現状は変わらんだろ? 行きたかったけどね~。 まぁ、観光気分で行くところじゃないことは承知していたけど、実際にありのままを見たかった! ...
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2011年11月28日月曜日

報告

今戻りました。 試験は時間が足りなくて(そう言えば一回目も同じでした)もったいなかったですが、まぁええか。 ところで、仙台いいところだね~。 一泊素泊まりしただけですが、上品さが伝わってくる。 都会なのにね~。東北大も立派!! 雲り空でしたが、それがまた仙台にマッチし...
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2011年11月26日土曜日

ソート

いよいよ明日だが全然ピンと来ないな~。 大丈夫か? ちょっと番外編だが、ソートというのも絶対出る感じだな。 特にソートの種類と計算量との関係なんかが。 いっぱい種類があって覚えられんが、主だったところだけ。 計算量はO(n^2)が最悪で、O(n log n)が最高なん...
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2011年11月25日金曜日

ニューラルネットワーク

「た~んと食べて、大きくおなりぃ。」 (親水性) これまたゆるい感じで。。 なんでも子供の成長に欠かせないそうです。 ちなみに紹介しきれなっかったグルタミン(Gln)、アルギニン(Arg)もよろしくということで、試験に行く人は頑張って下さいとのことでした。 親水か疎水...
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2011年11月24日木曜日

サポートベクトルマシン

「お飲み物は食後になさいますか?食中、、ご一緒でよろしいですか?」 (疎水性) 食前でお願いします! ごめんよ、慣れてない感じが初々しくて、つい。。 一生懸命なのは伝わってますから! オジサンにも君のような時代がありますた|ω・`) さて、残るは二日でもう今更です...
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2011年11月23日水曜日

K平均法

「私は”ちはやふる”の新がタイプです」 (疎水性) いや、私の聞いたタイプというのはそういう意味ではないのだが。。 もう、そういう意味だったことにしとくわ~。 (ここらへんの唯我独尊的な感じは疎水性に共通なのか?) クラスタリングについて、最も値の小さいものどおしを連結(クラ...
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2011年11月22日火曜日

自己組織化マップ

やっぱり今日中にやっときますか。。 自己組織化マップ(SOM)というのは、教師なしの代表だ。 といっても、チトとっつきにくい。 なんか試験のキーワードにはあがってますけどね。 そのマップというのは、出力(の入れ物)をn×mのように二次元に格子状に並べたものだ。 そのひ...
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学習

「まだまだ修行が足りませぬ。」 (親水性) これまた変わったタイプで。。 一体何の修行なんでしょうね。 ひょっとして私の修行が、ということか? ん?お主の名は、スローニン(素浪人)ということなのか! 昨日は人工知能のモデル(ニューロン)だけやりましたけど、まぁ入力...
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2011年11月21日月曜日

人工知能モデル

人工知能は、脳の神経細胞(ニューロン)を模倣というかモデルとしている。 こんな図を見たことあるかもしれないですが、イヤだね~。 見るからに拒否ってしまいそう。 これは入力があって、重みを介して積算されて、ある結果が出力されます、てなイメージなわけですけど。 複数の入力があっ...
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人工知能

「フフ・・・」 (親水性) 私があらかじめ名を知っていた唯一のアミノ酸ですね。 グルタミン酸ナトリウムといえば味の素ということで有名です。 なるほど、水に溶けるからおいしいダシになるんですね~。 ってか、なんかしゃべってくださいよ、フフって。。 もう試験まで一週間...
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2011年11月20日日曜日

お口の消毒

「草食系には私が足りないでしょう。」 (親水性) ハイィィ? 補足しときますと、リジンって動物性タンパクに多く含まれているんだそうです。 一応(失礼)必須アミノ酸ですからね。 不足すると免疫力が落ちたりするようで、けっこう不足しがちなんだそうです。 ベジタリアンなんていう...
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2011年11月19日土曜日

東北シリーズ?

「水は火と並び神の化身とされておりますから、それは大切にしております。」 (信水性) なんか脂肪族なのに親水なんですね~。 不思議キャラです。 心頭滅却すれば火もまた涼しということですかなっ。 あー受験票の封を開いたら(今更だが。。)、会場は東北大学医学部のキャン...
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2011年11月18日金曜日

異化娘?

「私達はBCAAです。」 (疎水性) BCAAっていうのは彼女達のバンド名のようで、ブランチッド チェイン アミノ アシッドの略なんだそうです。 ヘビメタ系ですかと尋ねたところゴスロリ系ですっ!とちょっとムッとされたようで。。 まぁ、三人構成というのは無駄がないというか、硬派...
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2011年11月17日木曜日

WEBフォーマット2

「人体は温水プールだヨ!」 (親水性) そうですか、それは何よりです。(・∀・;) なんか聞くところによると重要なアミノ酸なんだとか。。 見かけによりませんな~(失礼) メチオニンさんとお知り合いのようで。 あの人、水が苦手のようですから助けたってくださいね。 ...
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2011年11月16日水曜日

WEBフォーマット

「え?水は太っちゃうし。コラーゲンの方がいいでしょ。」 (疎水性) 太るかね?水が。。 (ちなみにコラーゲンて、主にフェニルアラニンさんが生成しているみたいです。) そもそも太るのがイヤという感覚がようわからん。 女の人は家の中心にならないとイカンから、その分体力が授け...
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2011年11月15日火曜日

分子進化2

「私はアスパラガスから発見された最初のアミノさんだよ! アスパラギン酸も仲間だよ。」 (親水性) あー、あなたでしたか。 いきなり区別がついてないってギンさんに怒られましたが。。 ギンさんは親水にしては他のキャラ達と感じが違うと思ったんですが、あなたとのコンビネーショ...
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2011年11月14日月曜日

分子進化

「おかえりなさい、ご主人さま。お冷をどーぞ。 でも私はお水じゃありませんよー。」 (疎水性) う~ん、何か持ってるというか只者ではない雰囲気もしますが、無粋な詮索はやめておきますか。 このままアミノさんシリーズで押し切るのかって? まぁ、それも一興ですが(笑)ちょっ...
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2011年11月13日日曜日

アミノさん4

「おまえ、どうせアスパラギンと私の区別ついてないんだろ? 水?そんなん別になんともないけど。」 (親水性) ギクッ。。これは鋭いご指摘を。 体内から毒素を追い出すパワフルなお方です。 親水というより、水は家来という感じですか。。 もう、そろそろ年末の掃除などに向け...
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2011年11月12日土曜日

アミノさん3

「水は苦手というか、怖いというか。。」 (疎水性) んー?おとなしいというか、引っ込み思案なんですかね? でも、人体ではけっして作り出せない必須アミノ酸。 そして、開始コドン!という唯一無二の存在なんです!! 日本シリーズは気がついたら始まっとった。 まぁ、大して...
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2011年11月11日金曜日

アミノさん2

「水は極性を持っているんだよ。だから私達も極性を持てば仲良く出来るんだ。」 (親水性) ほう、これは中々興味深いことを教わりました。 やりますな。若々しく、頭の良い子みたいです。 久々にドライバーやPCいじりましたけど、なんとか地デジ見れました。 試験問題はどうし...
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2011年11月10日木曜日

アミノさん

「ジメジメしたヤツってマジキモイ!」 (ガチ疎水性) なんですか、いきなりって? いや、アミノ酸て覚えられなくてさ~。 ていうか、暗記はイヤというルールを貫きたい。 針金細工みたいな構造図なんて見たって親しみ沸くかい!って思った次第。 第一回目はプロりんで、単純なんで...
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2011年11月9日水曜日

ミカエリスメンテン式

これって苦手な人多いだろうな~。 私も自信ないんですが、この試験に限っては”そんな高尚なこと問われてません”て。 ・人の言う事ちゃんと聞いてるか? ・簡単な算数できんのかぃ? っていうのをミカエリスメンテンにかこつけて見られる、ということなんだね。 Q. タンパク質...
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2011年11月8日火曜日

近接結合

系統樹とかもやってないといえばやってないけど、これ何を基準に選ぶのか、何がわからなくて出来ないのかわからんかったよ。 無根系統樹というものも、ニューウィック形式というものも、その形式で表現できる形はひとつではないことも知識として知っていたけど、そんなことじゃなかったんだな、試さ...
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2011年11月7日月曜日

タンパク質構造予測

今日、一発目やっときますかね。 ちょっと過去問見て、これ全然わからんかった。 Q. タンパク質の立体構造予測に利用される手法名として適切ではないものを選択肢の中から一つ選べ。 1 ホモロジーモデリング法 2 スレッディング法 3 フラグメントアセンブリ法 4 系統...
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みちのく一人旅?

年賀状のシーズンに入る前に、死亡通知を印刷し終えました。 フリーソフトでもなんとか満足な出来に出来ました。 ハガキ印刷するのって初めてでしたけど。。 受験票も届きましたよ~。 やはり、何かがみなぎってきた、んだかどうだか(?)(。-_-。) 東北大学は仙台駅から近いん...
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2011年11月4日金曜日

ASIAN

昨日は一日中ダウンしておりました。 ここへきてモチベーションも下がりまくっております。。lll(-_-;)lll ちょっとASIANというbirdの講義でも出てきたツールを使った解析でも紹介して、とりあえず締めましょう。 これ講義ビデオだけだと一体何やってんの?って感じな...
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2011年11月2日水曜日

ネットワーク推定

まぁなんとかクラスタリングくらいまでは出来そうだが、これはデータの整理整頓ということで、お互いの関連性とか相互作用なんてものはわからない。 それがわかれば苦労はしないのだけどね。。 これは難しいので直接タッチしないことにしたいが、なにげに試験範囲のキーワードなんかにもあがって...
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2011年11月1日火曜日

クラスタリング

正規化の次は、いよいよクラスタリングを行うのだが、これもいろいろな方法があるようだ。 まぁ、お互いの距離(何かの数値)を総当りで算出し、近い順に仲間として一括りにする(クラスタリング)というのがナチュラルかな。 例えば単純に単色の発現量X={13,35,51,75,92}とい...
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正規化

得られたデータを正規化するのは必須のようなので、まずこれをとりあげよう。 正規化というのは、あまりマトモな説明に出くわさないような概念である。 こんな状態では無意味(というか有害)なので、自分なりに考察してみよう。 正規化というのは、いわば正規分布化とでもいうべきもので...
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