2011年10月31日月曜日

トランスクリプトーム解析

トランスクリプトーム解析の手法は、 マイクロアレイの発現強度を正規化(蛍光色素の強度のばらつきを吸収)して、それをクラスタリングするということらしい。 前回の記事の疑問から、もうやりたいことの意味がわかってしまったようだ。 タンパク質というより遺伝子の分類みたいですけど、い...
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岐路

今週からアプローチを変えなければと思うが、そもそもどのようなアプローチがあるのかわからない。 まだ変にオリジナリティを発揮するような、また出来る時期でもないだろうから、既存の方法論を踏襲すべきだな。 近いところで言うと、トランスクリプトーム解析とかプロテオーム解析、あと進化学...
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2011年10月28日金曜日

タンパク質の輪

一(アミノ酸配列)、二(ヘリックス、シート)、三(原子位置)と、それぞれの次元でタンパク質を見てはきたが、方法論はともかく、肝心のタンパク質のことについては、なんだかさっぱりわからないというのが正直なところである。 そこでヤケクソで(?)ゲームでもやってみよう。 fold ...
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2011年10月27日木曜日

ラマチャンドランプロット

ラマチャンドランプロットとかって、ちゃんととりあげてなかったな。 タンパク質はアミノ酸がペプチド結合したもので、結合してる両隣との角度(φ、ψ)さえわかれば、おおよその構造分布がわかる、というかなりアバウトなものだが、そのくらい手掛かりが欲しいというか、アプローチが難しいんだろ...
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疎水結合

アミノ酸の側鎖はアミノ酸の種類も性質も決定する。 アミノ酸の側鎖は、疎水性と親水性という相反する性質を持ったグループに二分される。 まず、これをおさえておこう。 疎水性とは”水を嫌がる性質”である。 人体のかなりのウェートを水分が占めることを考えると、旗色が悪いというか...
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2011年10月26日水曜日

PDBフォーマット

あらためてPDBの中を眺めてみよう。 先週までは、PDBフォーマットをそのまま入力としてツールに食わしていたりしただけだったのだが。。 上の方にも色々情報が書いてありますが、このATOMで実データを判断してるんですね、各ツールは。 で、原子核単位でその位置(x,y,z座...
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2011年10月25日火曜日

sosuiとTMHMM

やっぱりインフルエンザがじんわりと流行の兆しアリとか。 やっぱナンカ重いですからね~。 そんな訳で、ボチボチやりますんで。 昨日見に来てくれた人には申し訳ないです。 さて、またDBの延長みたいでいい加減ウンザリでしょうが、タンパク質の発現場所というか、どんなところに居る...
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2011年10月22日土曜日

ダウン

風邪ひいた。頭が痛い。 今日は一日くたばっていよう。。 *24日(月)は体調不良のため休みます。  トルコの地震が心配です。。(´;д;`)  引き続きけっこう大きな余震が続いているので、被害は報道されている以上と思われます。   アメリカ地質研究所(USGS)の...
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2011年10月21日金曜日

UniProt

ちょっと疑問に思ったのが、PDBjの下のコード1d5rというのもPTENなんじゃないかという気がして、結局判断がつかんかった。 これは困る! そんなモヤモヤ状態の時に UniProt をやってみて驚いた。 なんか、もう確定的に詳細が記述してあります。 シーケンス(配...
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2011年10月20日木曜日

コンタクトマップ

あ~わかりました~。 一昨年やったbirdの講義資料ですけど。 奈良先端大学の講師の方の時のものですね。 こういうことですね。αヘリックスが対角線上にボコッと太くなっている部分で、βシートが平行、逆方向とあると。 で、先程見たマップもリストで”Distance map...
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構造解析

えー、現状打破のために新たにタンパク質のDBをいじってみたいと思います。 膵臓がん遺伝子について、結局、ほとんどパスウェイだけでしたからね。 もう少しじっくりと。。 で、タンパク質といえば、 PDBj がメジャーみたいでIDじゃなくても遺伝子名で検索できるようですね。 ...
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セントラルドグマ

事務的ですが、昨日の宿題部分です。 5.遺伝子機能 カテゴリー Identical to known human protein (Category I)  既知 Similar to known protein (Category II)  類似 IPR doma...
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2011年10月19日水曜日

検索ナビ

H-INVの続きですが、重大なことを。。 これこのページから飛んでくるのが正しいみたいです。 H-Inv検索ナビ なんか目的にそったものを選べば、これとこれみたいに組み合わせてくれるんだね。 それで、これらの検索条件を入力して検索しなされ、ということらしい。 じゃ私の...
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遺伝子座

遺伝子マップって情報の置き場所みたいなもんで、あんまし気にすることないんじゃなイカ?っていうのが正直なところなんだけど。。 遺伝子の連鎖とかを意識すると、そうでもないのかなと思えてきた。 ちゃんと説明できるかわからんけど、まず遺伝法則と言えば”メンデルの法則”が大原則のよう...
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2011年10月18日火曜日

遺伝子構造

あー、土日もやっていたんで休みたいくらいなんですけどね。 ま、マッタリとでも前進しときますか。 こういうことが分かりたいよ、ということで先週課題に挙げていたんですが。 H-INV そもそもこのページなぁに?っていうと経産省のバイオ関連サイトで、ヒト遺伝子のアノテーション...
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2011年10月17日月曜日

BLAST

BLASTも先週はやりませんでしたね。 なので、同じくMethodも兼ねてサクッといっときましょう。 配列検索といったらまずBLASTというくらいメジャーらしい。 名前は聞いたことありましたが。。 モチーフ検索だけでなく、個々のタンパク質について、既存のデータと照合した...
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演習2レポート

課題2もいきましょう。 タンパク質の種間比較 Introduction タンパク質の配列データを用いて、多くの種に存在しそうなタンパク質の解析を行う。 (タンパク質データベースとクエリ配列との比較し、相同な配列を探す) (アミノ酸モチーフのデータベース) 等のD...
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パスウェイ

ちょっと、いきなりパスウェイとか出てきて先週全然やっとらんかったね。 ncbiから検索すれば、先週やったような情報はいろいろ取れるんだけど、調べれば調べるほど訳がわかんなくなって。。 結局、にっちもさっちもいかなくなり、まとめとくにはこれしかないなと思った次第。 それで、M...
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演習1レポート

お約束ですから、演習1のレポートを晒しますか。 簡略しまくってますけどね。 膵臓がん遺伝子について Introduction 現在、死因トップのがんについて、原因遺伝子の働きを探る。 膵臓がん患者の90%に見られるという癌抑制遺伝子PTENを中心に、そのメカニズムを明...
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2011年10月14日金曜日

UTXと使用禁止フラグ

またまた関連ニュース第二弾になりますが。。 遺伝子配列は変わらんのに発現変異するパターンがある(エピジェネティクス)というを話したが、理研が機能を解明したようだ。 マイコミジャーナル記事 要は、塩基に結合する化学物質が使用禁止フラグとして使われていた、ということなんだね。...
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オステオポンチン

現実逃避も兼ねて(^^;、ちょっとタンパク質関連のニュースを。 オステオポンチン(OPN)というタンパク質が骨粗しょう症(骨萎縮)に関っていることが明らかになったようです。 サイエンスポータル記事 たしか、これがもっとも患者数の多い病気でしたからね。 私も多分これですね。...
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scop

けっこうprositeだけじゃキビシイ感じなのでscopとかいうDBも使ってみました。 まぁ、これはprositeでヒットしたものに対する二次的な検索なんですが。。 prositeの記事のデータを例にすると、ヒットしたページの青文字の右となりのRRMというキーワードで検索して...
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2011年10月13日木曜日

演習2とProsite

用事が掃けてきたので、あと二日猛然とダッシュしなければ! 完全に放置している演習2も分からないながらも、なんとか進めねば。。 なにらやタンパク質配列(?)データがズリズリとある。 配列ダウンロード 中身はテキストですね。 こいつを何かのDBに食わしてやろう。 という...
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2011年10月12日水曜日

OMIMとbiogps

ということで、まずOMIMで膵臓癌関連遺伝子のことを調べました。 1.まず、 OMIMのサイト にアクセスし、遺伝子名にて検索を行います。  2.リストから該当(PTEN)するものをクリックし、言語をjapaneseに選択 とまぁこれだけなんですけどね、OMIMに...
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演習1の草案改

あー、ちょっと今日は立て込んじゃって進まないんですが、懸案はどうしようもないみたいだ。 特に活性/非活性というのは簡単に配列からジャッジできないようだし、その点についてはやるとしても既存の発現プロファイルデータなんかを利用することになりそう。 それ以前に、どうもマルチヒット仮...
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2011年10月11日火曜日

Ensemble

まぁ、なかなか見通しが厳しくて時間ばかり過ぎ去ってしまいそうですが、そもそもDBの理解が目的ですから、それだけでも先に進めなければ。。 まず、特定の遺伝子の位置とかその生データを取得する、というのは必須になるとは思うが、それをどうする? ゲノムデータベースの使い方のサイトに...
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続・演習1の草案

がん抑制遺伝子は、現在知られているだけでも20種類くらいあるようで、けっこう多いですね。 つい先日も、他のがんの因子に広く作用する中心的な役割を持つがん抑制遺伝子(NIRF)が発見(というか同定か)されたそうです。 朝日新聞記事 がん抑制遺伝子の中心的役割という概念自体が新...
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2011年10月10日月曜日

演習1の草案

少し構想だけ考えました。 演習1の癌遺伝子について、というやつ。 親父が今年、膵臓がんで他界したというのもあるし、ごく最近ではスティーブ・ジョブズが同じく他界した。 膵臓がんは周囲を他の臓器で囲まれているため発見がしづらく、そのため手遅れになりがちだ。 遺伝子を診断する...
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演習テーマ

ああ、今週はいろいろ宿題があってちょっと憂鬱なんですが、なんとか乗り切りたい。 データベースでしたね。 まぁ、なんかとっかかりとして演習形式にしましょう、と。 で、どうやら目的にぴったりのサイトがありました。 ゲノムデータベースというのは、なんか総称みたいで、このサイトに...
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2011年10月9日日曜日

雑記

そもそもバイオインフォマティクスの試験を受けようと急遽思った背景には、仙台を見てきてやろうと思ったことが大きい。 しかし、今日MSN産経の日曜経済講座とかで、仙台の様子が伝えられていた。 MSN産経の日曜経済講座 やられた! こんなことニュースにはならんから、直接見てこ...
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2011年10月7日金曜日

分子生物学データベース講義

調子こいてゲノムDBをと思い、例の検索プラットホームからgenomeを選択したのですが、中身の見方がわかりません! これは徒手空拳では無理! ということで、bird(バイオインフォマティクス推進センター)を頼りましょう。 ここの講義ビデオで各種DBを網羅していますね。 ...
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NCBI

なんかNCBIが提供するDB検索のブラットホームみたいなページがありました。 検索プラットホーム リストの先頭がまさにPubMedになっていますが、他のDBも検索してくれるようで。 おーー素晴らしい! こういう使い勝手を望んでいたんです! これはグーグルライクというか...
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