2011年12月31日土曜日

煩悩冷めやまず

土壇場で大分ドタドタしてしまったが、お煮しめとかみかんとか菓子も買い込み、あとは年越しそばを食って新年を迎えるのみ! そういえば、毎年氏神様の神社のお札は親父がもらってきてたのだな。 今年は私が行かないと、と思ってお札を見てみると、なんとお札がないΣ(゚Д゚ノ)ノ 母に尋...
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2011年12月30日金曜日

やり残し

昨日はちょっと暖かかったのでオチオチ寝てられなんだ。 結局、冷蔵庫の発注とか掃除当番の張り紙だとか相続代表人届けだとか、なんかこのまま越年するのは許さんという思し召しのような気が。。(・┰<) ついでに冷蔵庫の裏という死角を大掃除できたのだから良かったのか。 こんな年...
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2011年12月29日木曜日

風邪

風邪ひいた。(´>Д<)=3=3 なんか今年は既に二回目だ。 風邪をひくのは精神がタルンどる証拠などとも言うが、別にええやんけ年末くらい! タルむやいやな風邪引いてしまうというのが情けないな~。 (関係ないけど冷凍庫も調子悪いような。。) *結局、冷蔵庫は買...
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2011年12月25日日曜日

放射線量表示

最近は食物の放射線量については無頓着になってきている。 それなりに生産地を意識する程度だ。 しかし、毎日普通に魚もきのこも日本茶も葉野菜も牛乳も摂っている。 現在、我々の生身はどの程度”産業廃棄物化”しているのであろうか? イオンやイトーヨーカドーなどでセシウムが検出さ...
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2011年12月24日土曜日

イブ

今朝はむちゃくちゃ寒かったな。(((=_=))) 当分続くようですね~。 もう食うだけが楽しみだな。 また、ホイコーローでも作ってみっか! 昨日のubuntuはwubiをダウンロードして実行したらすんなり入った。 逆に言えば、手出しができんというか。。 (isoの個...
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2011年12月23日金曜日

サポート切れ

来年4月にVISTAのサポートが切れる。 7にアップデートというのは普通だろうが、一時期仮想化でいじっていたubuntuを入れてデュアルブートにしようかな? まぁマイクロソフトに少しは貢献してもいいのだが、調子に乗らせるとタチ悪いからね。 ここらで牽制しとかんと。 とり...
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2011年12月21日水曜日

法務局

今日は法務局に行ってきた。 不動産関連の手続きなどは司法書士などにお願いするのも普通かと思うが、時間があるのと勉強にもなるので自分でやってみようと思ったのだ。 相模原の法務局では相談窓口などもあって親切に教えて頂いた。 あらかじめ用意できるものとか、銀行関連などで慣れてし...
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2011年12月20日火曜日

変わり目

北朝鮮の金正日総書記が亡くなり、これから世界的に指導者の入れ替わりが起こりそうな気配がある。 来年早々の台湾の総選挙も天下分け目となりそうだ。 今、日本には政治なんて存在しとるんか? 大分寒くなったので鍋やおでんなどを作ることが多いが、なんかこういうものはついつい余計に作...
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2011年12月15日木曜日

神宮のご祭神

神社と神宮の違いは、皇族を祭神としているか否かの違いだそうで。 厳島神社のような例外もあるが、大抵神社っていうのはうら寂しいというかボロイ感じはするな。 神の世界も二極分化しとるんかいな。 かるたで、近年特に脚光を浴びている近江神宮は大化の改新で有名な天智天皇がご祭神。 ...
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2011年12月14日水曜日

腰部脊柱管狭窄症

今日は母親の付き添いで整形外科医院へ。 MRIで見たところ、腰部脊柱管狭窄症(ようぶせきちゅうかんきょうさくしょう)と診断された。 簡単に言うと、神経の通り道が潰れて圧迫されてる状態だ。 (どうやら腰の曲がったお年寄りというのも同じ症状で、要は痛みのない姿勢をとるとあのよう...
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2011年12月13日火曜日

寂寥

今年は、毎年大掃除の最大の立役者親父がおらんので結構大変である。 粗大ゴミだけでも相模原はMAX10点なので微妙に足らん。 まだこんなに捨てるものがあるのか。。 まぁ細かいものは後回しにしますか。 親父が入院、亡くなって以来、電気釜、トースター、電子レンジとなぜか立て続...
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2011年12月11日日曜日

遠赤外線ヒーター

なんか力を入れてもビクともせんかった窓が何の抵抗もなく開いた。 気温の関係なのか、地震の影響なのか不思議だ。。 さて、今日はさほど寒くはなかったが、寒さ対策第二弾として、灯油などの燃料に頼らない系の暖房器具ということでダイキンの遠赤外線ヒーターというものを使用してみた。 ...
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2011年12月10日土曜日

防寒

久々に更新します。 別に死んだわけではないんですが、テーマがないのと野暮用を片付けているのでお休みしています。 その野暮用の一環なんですが、今日は防寒グッズを買ってきてテストしてみます。 なんせ寒かったですからね、今朝は。 今の時期でこれかよ、とゾッとして。 今までは...
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2011年12月3日土曜日

脱東電

なんか脱東電が加速しているみたいだな。 当然ではあるが、いい兆候だ。 原発に頼ってるヤツなんか全部潰してまえ~。 企業としての強みが無ければ、株価も落ちるしな。 誰もゴミのケツなど持たん体勢をとっとと整えるべし!!!! 政治的な圧力だぁ?笑わせんな。 それでは心おき...
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イラン核施設爆発

イランの核施設で爆発があったようだ。 これはスタックスネットというウイルスの類によるものではないだろうか? (もっと直接的な攻撃の可能性もあるが。) その脅威は既に公にされていたものだ。 (ちなみに標的はプログラマブル・コントローラ組み込みのWindowsであり、ネッ...
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2011年11月30日水曜日

被災地を想う

気仙沼が15年連続でカツオの水揚げ日本一だそうで。 これは物凄いことだな。 だって、壊滅的というより壊滅したじゃない! 今だってそう現状は変わらんだろ? 行きたかったけどね~。 まぁ、観光気分で行くところじゃないことは承知していたけど、実際にありのままを見たかった! ...
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2011年11月28日月曜日

報告

今戻りました。 試験は時間が足りなくて(そう言えば一回目も同じでした)もったいなかったですが、まぁええか。 ところで、仙台いいところだね~。 一泊素泊まりしただけですが、上品さが伝わってくる。 都会なのにね~。東北大も立派!! 雲り空でしたが、それがまた仙台にマッチし...
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2011年11月26日土曜日

ソート

いよいよ明日だが全然ピンと来ないな~。 大丈夫か? ちょっと番外編だが、ソートというのも絶対出る感じだな。 特にソートの種類と計算量との関係なんかが。 いっぱい種類があって覚えられんが、主だったところだけ。 計算量はO(n^2)が最悪で、O(n log n)が最高なん...
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2011年11月25日金曜日

ニューラルネットワーク

「た~んと食べて、大きくおなりぃ。」 (親水性) これまたゆるい感じで。。 なんでも子供の成長に欠かせないそうです。 ちなみに紹介しきれなっかったグルタミン(Gln)、アルギニン(Arg)もよろしくということで、試験に行く人は頑張って下さいとのことでした。 親水か疎水...
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2011年11月24日木曜日

サポートベクトルマシン

「お飲み物は食後になさいますか?食中、、ご一緒でよろしいですか?」 (疎水性) 食前でお願いします! ごめんよ、慣れてない感じが初々しくて、つい。。 一生懸命なのは伝わってますから! オジサンにも君のような時代がありますた|ω・`) さて、残るは二日でもう今更です...
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2011年11月23日水曜日

K平均法

「私は”ちはやふる”の新がタイプです」 (疎水性) いや、私の聞いたタイプというのはそういう意味ではないのだが。。 もう、そういう意味だったことにしとくわ~。 (ここらへんの唯我独尊的な感じは疎水性に共通なのか?) クラスタリングについて、最も値の小さいものどおしを連結(クラ...
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2011年11月22日火曜日

自己組織化マップ

やっぱり今日中にやっときますか。。 自己組織化マップ(SOM)というのは、教師なしの代表だ。 といっても、チトとっつきにくい。 なんか試験のキーワードにはあがってますけどね。 そのマップというのは、出力(の入れ物)をn×mのように二次元に格子状に並べたものだ。 そのひ...
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学習

「まだまだ修行が足りませぬ。」 (親水性) これまた変わったタイプで。。 一体何の修行なんでしょうね。 ひょっとして私の修行が、ということか? ん?お主の名は、スローニン(素浪人)ということなのか! 昨日は人工知能のモデル(ニューロン)だけやりましたけど、まぁ入力...
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2011年11月21日月曜日

人工知能モデル

人工知能は、脳の神経細胞(ニューロン)を模倣というかモデルとしている。 こんな図を見たことあるかもしれないですが、イヤだね~。 見るからに拒否ってしまいそう。 これは入力があって、重みを介して積算されて、ある結果が出力されます、てなイメージなわけですけど。 複数の入力があっ...
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人工知能

「フフ・・・」 (親水性) 私があらかじめ名を知っていた唯一のアミノ酸ですね。 グルタミン酸ナトリウムといえば味の素ということで有名です。 なるほど、水に溶けるからおいしいダシになるんですね~。 ってか、なんかしゃべってくださいよ、フフって。。 もう試験まで一週間...
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2011年11月20日日曜日

お口の消毒

「草食系には私が足りないでしょう。」 (親水性) ハイィィ? 補足しときますと、リジンって動物性タンパクに多く含まれているんだそうです。 一応(失礼)必須アミノ酸ですからね。 不足すると免疫力が落ちたりするようで、けっこう不足しがちなんだそうです。 ベジタリアンなんていう...
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2011年11月19日土曜日

東北シリーズ?

「水は火と並び神の化身とされておりますから、それは大切にしております。」 (信水性) なんか脂肪族なのに親水なんですね~。 不思議キャラです。 心頭滅却すれば火もまた涼しということですかなっ。 あー受験票の封を開いたら(今更だが。。)、会場は東北大学医学部のキャン...
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2011年11月18日金曜日

異化娘?

「私達はBCAAです。」 (疎水性) BCAAっていうのは彼女達のバンド名のようで、ブランチッド チェイン アミノ アシッドの略なんだそうです。 ヘビメタ系ですかと尋ねたところゴスロリ系ですっ!とちょっとムッとされたようで。。 まぁ、三人構成というのは無駄がないというか、硬派...
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2011年11月17日木曜日

WEBフォーマット2

「人体は温水プールだヨ!」 (親水性) そうですか、それは何よりです。(・∀・;) なんか聞くところによると重要なアミノ酸なんだとか。。 見かけによりませんな~(失礼) メチオニンさんとお知り合いのようで。 あの人、水が苦手のようですから助けたってくださいね。 ...
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2011年11月16日水曜日

WEBフォーマット

「え?水は太っちゃうし。コラーゲンの方がいいでしょ。」 (疎水性) 太るかね?水が。。 (ちなみにコラーゲンて、主にフェニルアラニンさんが生成しているみたいです。) そもそも太るのがイヤという感覚がようわからん。 女の人は家の中心にならないとイカンから、その分体力が授け...
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2011年11月15日火曜日

分子進化2

「私はアスパラガスから発見された最初のアミノさんだよ! アスパラギン酸も仲間だよ。」 (親水性) あー、あなたでしたか。 いきなり区別がついてないってギンさんに怒られましたが。。 ギンさんは親水にしては他のキャラ達と感じが違うと思ったんですが、あなたとのコンビネーショ...
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2011年11月14日月曜日

分子進化

「おかえりなさい、ご主人さま。お冷をどーぞ。 でも私はお水じゃありませんよー。」 (疎水性) う~ん、何か持ってるというか只者ではない雰囲気もしますが、無粋な詮索はやめておきますか。 このままアミノさんシリーズで押し切るのかって? まぁ、それも一興ですが(笑)ちょっ...
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2011年11月13日日曜日

アミノさん4

「おまえ、どうせアスパラギンと私の区別ついてないんだろ? 水?そんなん別になんともないけど。」 (親水性) ギクッ。。これは鋭いご指摘を。 体内から毒素を追い出すパワフルなお方です。 親水というより、水は家来という感じですか。。 もう、そろそろ年末の掃除などに向け...
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2011年11月12日土曜日

アミノさん3

「水は苦手というか、怖いというか。。」 (疎水性) んー?おとなしいというか、引っ込み思案なんですかね? でも、人体ではけっして作り出せない必須アミノ酸。 そして、開始コドン!という唯一無二の存在なんです!! 日本シリーズは気がついたら始まっとった。 まぁ、大して...
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2011年11月11日金曜日

アミノさん2

「水は極性を持っているんだよ。だから私達も極性を持てば仲良く出来るんだ。」 (親水性) ほう、これは中々興味深いことを教わりました。 やりますな。若々しく、頭の良い子みたいです。 久々にドライバーやPCいじりましたけど、なんとか地デジ見れました。 試験問題はどうし...
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2011年11月10日木曜日

アミノさん

「ジメジメしたヤツってマジキモイ!」 (ガチ疎水性) なんですか、いきなりって? いや、アミノ酸て覚えられなくてさ~。 ていうか、暗記はイヤというルールを貫きたい。 針金細工みたいな構造図なんて見たって親しみ沸くかい!って思った次第。 第一回目はプロりんで、単純なんで...
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2011年11月9日水曜日

ミカエリスメンテン式

これって苦手な人多いだろうな~。 私も自信ないんですが、この試験に限っては”そんな高尚なこと問われてません”て。 ・人の言う事ちゃんと聞いてるか? ・簡単な算数できんのかぃ? っていうのをミカエリスメンテンにかこつけて見られる、ということなんだね。 Q. タンパク質...
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2011年11月8日火曜日

近接結合

系統樹とかもやってないといえばやってないけど、これ何を基準に選ぶのか、何がわからなくて出来ないのかわからんかったよ。 無根系統樹というものも、ニューウィック形式というものも、その形式で表現できる形はひとつではないことも知識として知っていたけど、そんなことじゃなかったんだな、試さ...
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2011年11月7日月曜日

タンパク質構造予測

今日、一発目やっときますかね。 ちょっと過去問見て、これ全然わからんかった。 Q. タンパク質の立体構造予測に利用される手法名として適切ではないものを選択肢の中から一つ選べ。 1 ホモロジーモデリング法 2 スレッディング法 3 フラグメントアセンブリ法 4 系統...
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みちのく一人旅?

年賀状のシーズンに入る前に、死亡通知を印刷し終えました。 フリーソフトでもなんとか満足な出来に出来ました。 ハガキ印刷するのって初めてでしたけど。。 受験票も届きましたよ~。 やはり、何かがみなぎってきた、んだかどうだか(?)(。-_-。) 東北大学は仙台駅から近いん...
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2011年11月4日金曜日

ASIAN

昨日は一日中ダウンしておりました。 ここへきてモチベーションも下がりまくっております。。lll(-_-;)lll ちょっとASIANというbirdの講義でも出てきたツールを使った解析でも紹介して、とりあえず締めましょう。 これ講義ビデオだけだと一体何やってんの?って感じな...
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2011年11月2日水曜日

ネットワーク推定

まぁなんとかクラスタリングくらいまでは出来そうだが、これはデータの整理整頓ということで、お互いの関連性とか相互作用なんてものはわからない。 それがわかれば苦労はしないのだけどね。。 これは難しいので直接タッチしないことにしたいが、なにげに試験範囲のキーワードなんかにもあがって...
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2011年11月1日火曜日

クラスタリング

正規化の次は、いよいよクラスタリングを行うのだが、これもいろいろな方法があるようだ。 まぁ、お互いの距離(何かの数値)を総当りで算出し、近い順に仲間として一括りにする(クラスタリング)というのがナチュラルかな。 例えば単純に単色の発現量X={13,35,51,75,92}とい...
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正規化

得られたデータを正規化するのは必須のようなので、まずこれをとりあげよう。 正規化というのは、あまりマトモな説明に出くわさないような概念である。 こんな状態では無意味(というか有害)なので、自分なりに考察してみよう。 正規化というのは、いわば正規分布化とでもいうべきもので...
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2011年10月31日月曜日

トランスクリプトーム解析

トランスクリプトーム解析の手法は、 マイクロアレイの発現強度を正規化(蛍光色素の強度のばらつきを吸収)して、それをクラスタリングするということらしい。 前回の記事の疑問から、もうやりたいことの意味がわかってしまったようだ。 タンパク質というより遺伝子の分類みたいですけど、い...
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岐路

今週からアプローチを変えなければと思うが、そもそもどのようなアプローチがあるのかわからない。 まだ変にオリジナリティを発揮するような、また出来る時期でもないだろうから、既存の方法論を踏襲すべきだな。 近いところで言うと、トランスクリプトーム解析とかプロテオーム解析、あと進化学...
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2011年10月28日金曜日

タンパク質の輪

一(アミノ酸配列)、二(ヘリックス、シート)、三(原子位置)と、それぞれの次元でタンパク質を見てはきたが、方法論はともかく、肝心のタンパク質のことについては、なんだかさっぱりわからないというのが正直なところである。 そこでヤケクソで(?)ゲームでもやってみよう。 fold ...
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2011年10月27日木曜日

ラマチャンドランプロット

ラマチャンドランプロットとかって、ちゃんととりあげてなかったな。 タンパク質はアミノ酸がペプチド結合したもので、結合してる両隣との角度(φ、ψ)さえわかれば、おおよその構造分布がわかる、というかなりアバウトなものだが、そのくらい手掛かりが欲しいというか、アプローチが難しいんだろ...
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疎水結合

アミノ酸の側鎖はアミノ酸の種類も性質も決定する。 アミノ酸の側鎖は、疎水性と親水性という相反する性質を持ったグループに二分される。 まず、これをおさえておこう。 疎水性とは”水を嫌がる性質”である。 人体のかなりのウェートを水分が占めることを考えると、旗色が悪いというか...
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2011年10月26日水曜日

PDBフォーマット

あらためてPDBの中を眺めてみよう。 先週までは、PDBフォーマットをそのまま入力としてツールに食わしていたりしただけだったのだが。。 上の方にも色々情報が書いてありますが、このATOMで実データを判断してるんですね、各ツールは。 で、原子核単位でその位置(x,y,z座...
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2011年10月25日火曜日

sosuiとTMHMM

やっぱりインフルエンザがじんわりと流行の兆しアリとか。 やっぱナンカ重いですからね~。 そんな訳で、ボチボチやりますんで。 昨日見に来てくれた人には申し訳ないです。 さて、またDBの延長みたいでいい加減ウンザリでしょうが、タンパク質の発現場所というか、どんなところに居る...
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2011年10月22日土曜日

ダウン

風邪ひいた。頭が痛い。 今日は一日くたばっていよう。。 *24日(月)は体調不良のため休みます。  トルコの地震が心配です。。(´;д;`)  引き続きけっこう大きな余震が続いているので、被害は報道されている以上と思われます。   アメリカ地質研究所(USGS)の...
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2011年10月21日金曜日

UniProt

ちょっと疑問に思ったのが、PDBjの下のコード1d5rというのもPTENなんじゃないかという気がして、結局判断がつかんかった。 これは困る! そんなモヤモヤ状態の時に UniProt をやってみて驚いた。 なんか、もう確定的に詳細が記述してあります。 シーケンス(配...
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2011年10月20日木曜日

コンタクトマップ

あ~わかりました~。 一昨年やったbirdの講義資料ですけど。 奈良先端大学の講師の方の時のものですね。 こういうことですね。αヘリックスが対角線上にボコッと太くなっている部分で、βシートが平行、逆方向とあると。 で、先程見たマップもリストで”Distance map...
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構造解析

えー、現状打破のために新たにタンパク質のDBをいじってみたいと思います。 膵臓がん遺伝子について、結局、ほとんどパスウェイだけでしたからね。 もう少しじっくりと。。 で、タンパク質といえば、 PDBj がメジャーみたいでIDじゃなくても遺伝子名で検索できるようですね。 ...
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セントラルドグマ

事務的ですが、昨日の宿題部分です。 5.遺伝子機能 カテゴリー Identical to known human protein (Category I)  既知 Similar to known protein (Category II)  類似 IPR doma...
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2011年10月19日水曜日

検索ナビ

H-INVの続きですが、重大なことを。。 これこのページから飛んでくるのが正しいみたいです。 H-Inv検索ナビ なんか目的にそったものを選べば、これとこれみたいに組み合わせてくれるんだね。 それで、これらの検索条件を入力して検索しなされ、ということらしい。 じゃ私の...
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遺伝子座

遺伝子マップって情報の置き場所みたいなもんで、あんまし気にすることないんじゃなイカ?っていうのが正直なところなんだけど。。 遺伝子の連鎖とかを意識すると、そうでもないのかなと思えてきた。 ちゃんと説明できるかわからんけど、まず遺伝法則と言えば”メンデルの法則”が大原則のよう...
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2011年10月18日火曜日

遺伝子構造

あー、土日もやっていたんで休みたいくらいなんですけどね。 ま、マッタリとでも前進しときますか。 こういうことが分かりたいよ、ということで先週課題に挙げていたんですが。 H-INV そもそもこのページなぁに?っていうと経産省のバイオ関連サイトで、ヒト遺伝子のアノテーション...
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2011年10月17日月曜日

BLAST

BLASTも先週はやりませんでしたね。 なので、同じくMethodも兼ねてサクッといっときましょう。 配列検索といったらまずBLASTというくらいメジャーらしい。 名前は聞いたことありましたが。。 モチーフ検索だけでなく、個々のタンパク質について、既存のデータと照合した...
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